Ахмет-паша не пытался преследовать Бонапарта. Подобно всем восточным деспотам, он был подозрителен и не хотел стать жертвой данайской хитрости, которой вполне могло оказаться отступление французов, к тому же у него под рукой не было кавалерии. Более того, уход Бонапарта в Египет его вполне устраивал, ибо первоочередной задачей паши было восстановление собственной власти в Cирии и жестокая расправа со всеми, кто успел скомпрометировать себя сотрудничеством с французами. Кораблей Сиднея-Смита тоже не было видно: у него было достаточно забот в связи с непрекращающейся охотой контр-адмирала Перре за турецкими конвоями. Отступающая французская армия растянулась длинной змеей по дороге, ведущей из Хайфы в Яффу берегом моря; Бонапарт выбрал ее как более легкую для восьмисот раненых, которые шли по взморью пешком. Уже во время первой стоянки, сделанной утром 21 мая, выяснилось, что двести человек из этих восьмисот не в состоянии продолжать путь самостоятельно. Бонапарт спешился, его примеру последовали все офицеры штаба, недостающих лошадей раненым предоставила кавалерия, следовавшая параллельно колонне по высотам, ограничивающим взморье с востока; вскоре армия продолжила движение, совершавшееся медленнее обычного: армия была обременена большим обозом, а дневные переходы, казавшиеся сравнительно легкими в феврале, теперь, под палящими лучами солнца, сделались настоящим испытанием на выносливость, и многие с ужасом думали о том, что ждет их в пустыне, где не будет легкого бриза и моря, в котором можно искупаться во время стоянки. Время от времени на обочине дороги показывались остатки римских колоннад, украшавших прибрежные города Палестины времен царя Ирода: Кесарии Стратоновой, Сикаминополя, Буколополя, Крокодилополя. Бонапарт, уступивший коня раненому гренадеру, который долго отказывался на него сесть, боясь испачкать кровью дорогое седло, хотел идти пешком впереди колонны, но вскоре, в свою очередь, принужден был воспользоваться любезностью одного из кавалерийских офицеров, предоставивших в его распоряжение свою лошадь.
Генерал Каффарелли дю Фальга умер 25 мая, на следующий день после прибытия колонны Бонапарта в Яффу. Перед смертью генерал бредил, он видел себя окруженным коллегами по Египетскому институту и ожесточенно спорил с кем-то из них: речь шла, насколько можно было понять, о преимуществах и недостатках реформированной в 1795 г. системы среднего образования во Франции. В госпитале Яффы, служившем главным транзитным пунктом эвакуации, скопилось много раненых, среди них около ста человек с ампутированными конечностями. Их необходимо было отправить в Эль-Сальхию. Всем было ясно, что для многих из раненых переход через безводную пустыню в разгар летней жары может стать последним. Оставлять раненых и больных в Яффе значило обречь их на мучительную смерть, если не от рук головорезов Джеззара, то просто от жажды, так как никто кроме военных врачей не хотел ухаживать за ними, боясь чумы. Умирающие просили дать им смертельную дозу опиума, чтобы прекратить невыносимые страдания. Бонапарт задержался в Яффе на несколько дней, до тех пор, пока в госпитале не осталось 11 человек: остальные умерли или были эвакуированы. Покидая Яффу 28 мая, Бонапарт оставил в госпитале хирургов, приказав им ни при каких обстоятельствах не оставлять больных и раненых, не подлежащих транспортировке, одних в беспомощном состоянии; генерала Мюрата, прикрывавшего отход с пятью сотнями кавалеристов, он попросил лично проконтролировать исполнение этого приказа. Отступая, французские арьергарды взорвали крепостные стены Яффы и подожгли во всей округе высокие хлеба, обещавшие палестинцам богатый урожай. 29 мая Бонапарт остановился в Газе. Здесь армия простилась с мягким климатом Финикии и после короткой передышки в тени фруктовых рощ выступила в девятидневный марш через в выжженную солнцем пустыню, где от пальмового леса Эль-Ариша до самой Эль-Сальхии нет ни клочка тени, где не слышно птичьего щебета, а холодными ночами под яркими звездами юга из нор выползают змеи. Переход совершился без каких-либо происшествий. Оставив в восстановленном форте Эль-Ариша небольшой французский гарнизон, способный отогнать неприятельскую кавалерию от колодцев, Бонапарт прибыл в Катию 5 июня. В ожидании прибытия раненых он отправился в тот же день к расположенным неподалеку развалинам Пелузия и провел несколько часов в тени остатков древней колоннады вблизи от того места, где некогда египтяне коварно умертвили Помпея, чтобы вручить его голову Цезарю. Жара была удушающей. Наконец 7 июня армия добралась до пальмового леса Эль-Сальхии. Против ожиданий, смертность среди раненых была невысока, лишь пятеро инвалидов с ампутированными конечностями не выдержали тягот этого утомительного перехода. Врачи объясняли это отсутствием влаги в воздухе пустыни. Тщательно произведенные переклички позволили установить окончательную величину потерь, понесенных армией в Сирийскую кампанию: 1400 убитых и пропавших без вести и 1500 раненых, из которых 1200 человек уже в июле должны были вернутся в свои части.
Остаток пути до Каира после марша через Синайскую пустыню показался солдатам отдыхом. 13 июня на горизонте были замечены 400 минаретов Каира. В предвкушении предстоящей торжественной встречи солдаты привели в порядок свою амуницию. Вступление армии в город, совершившееся 14 июня через ворота Побед, было организовано с подобающей пышностью и во многом походило на триумф фараона, вернувшегося с богатой добычей из похода в Келесирию. Отличие заключалось, главным образом, в колорите восточных сказок «Тысячи и одной ночи»: в торжественном шествии по улицам столицы, помимо военных трофеев, участвовали также подарки, преподнесенные французскому главнокомандующему делегациями ремесленных цехов и купеческих гильдий Каира, вышедшими из ворот, чтобы приветствовать его на окраине. В числе подарков были арабские лошади в роскошной упряжи, быстроногие дромадеры, красивые невольницы разных цветов кожи, персидские ковры и шали, украшенное драгоценностями оружие. Солдаты с радостью возвращались в Каир, и радость эта была столь же неподдельной, как если бы они вернулись на родину. Не было лишь дивизии Клебера: ее послали охранять побережье в Дамиетте. Товарищи по оружию и сотрудники Института встречали героев за накрытыми на свежем воздухе столами. Пировали до вечера, а горожане – еще и на следующий день. За время отсутствия Бонапарта в управлении городом и всем Нижним Египтом не произошло каких-либо сбоев, службы в мечетях шли своим чередом, караванная торговля процветала, крестьяне и ремесленники сбывали свой товар на рынках, столичные увеселительные заведения не пустовали. Шейхи мечети Аль-Азхар в связи с возвращением Бонапарта обратились к народу с воззванием, в котором особо были отмечены внимание, с которым тот ежедневно читает Коран, и его намерение в скором времени воздвигнуть в городе самую большую мечеть и принять религию Магомета.